为了增强对免疫检查点阻断(ICB)反应的理解,研究者们致力于开发多种数据库和网络平台,以探索可预测反应的生物标志物谱。这些资源不仅汇集了转录组数据、总生存期、活检时间点、免疫反应等关键信息,还整合了多项临床数据,支持生存分析、肿瘤微环境中免疫细胞的解卷积以及差异表达基因的分析等研究。接下来,将深入介绍几个主要数据库的特点及其提供的功能和分析工具。
01 ICBAtlas
ICBAtlas 是一个专注于ICB疗法的数据库,整合了来自25个公共数据库的1,515名癌症患者的数据,涵盖9种不同的癌症类型。该平台提供工具来分析基因表达差异、定义响应评分以评估治疗效果,并研究肿瘤微环境中免疫细胞的浸润情况。用户可以根据基因、癌症类型或免疫检查点层面进行数据探索,这将有助于识别潜在的生物标志物,推动个性化癌症免疫治疗的研究与进步。值得一提的是,ICBAtlas 免费供研究人员使用。
02 TIDE
TIDE 分数是一种预测ICB疗法反应的计算方法,旨在通过分析肿瘤免疫功能障碍和排斥特征来解决免疫疗法样本数量不足的问题。通过利用来自189项人类癌症研究的33,197个非ICB治疗样本,TIDE计算了每个基因与细胞毒性T细胞水平之间的相互作用,并运用标准化的Wald检验得分来预测患者对PD-L1治疗的反应。研究表明,TIDE在黑色素瘤患者中的预测性能优于其他已知生物标志物,尽管其适用性目前仅限于黑色素瘤和非小细胞肺癌。TIDE 网站提供公共转录组数据集的访问及支持TIDE分数分析的工具。
03 ICB-Portal
ICB-Portal 是一个综合平台,不仅提供了现有ICB疗法反应生物标志物的基准测试结果和详细分析,还允许研究人员在线检验自定义的生物标志物以预测治疗效果。该平台基于29个转录组数据集,涵盖了5种癌症类型的超过1,400名患者的数据,并评估了39个转录组生物标志物及48个评分系统的效能。
04 TIGER
TIGER(肿瘤免疫治疗基因表达资源)是一个综合了单细胞转录组数据的平台,提供多种分析模块以预测ICB疗法的反应。它包含来自18个bulk转录组数据集的超过1,500个带有临床结果的肿瘤样本,以及来自655个样本的210万个免疫细胞单细胞测序数据,展示了免疫细胞亚群的全景信息。TIGER 还支持用户探索相关通路、轨迹映射及反应预测等多种功能。
05 IOhub
IOhub 是另一个重要平台,致力于提供与免疫治疗相关的丰富生物标志物分析和最新研究成果,帮助科研人员更好地理解肿瘤免疫微环境及其反应机制。
以上介绍的数据库和平台,为研究者在寻找可预测ICB反应的生物标志物方面提供了重要资源。随着科技的进步和数据的积累,尊龙凯时-人生就是博将为个性化癌症免疫治疗的研究开辟新的局面,并可能为患者带来更多希望。